Digital Tهينك Tank (DTT)

تكشف مراجعة النظراء الخارجية لاختبار RT-PCR للكشف عن SARS-CoV-2 عن 10 أوجه قصور علمية أساسية على المستوى الجزيئي والمنهجي: عواقب النتائج الإيجابية الخاطئة.

عزيزي القارئ ، سنبدأ اليوم باقتباس من البروفيسور ألبرت أينشتاين ، (من البث الإذاعي للنداء اليهودي الموحد ، ١١ أبريل ١٩٤٣):

"إن السعي وراء الحقيقة والمعرفة من أجمل الأشياء التي يستطيع الإنسان القيام بها ، حتى لو كان الفخر في هذا المسعى في الغالب على لسان أولئك الذين لا يملأون مثل هذه الملاحقات."

كان العالم مع ما يقرب من عام جائحة الاكليل يعمل. لقد تم اتخاذ العديد من الإجراءات للسيطرة على الوضع. نحن في فريق DTT Science-Tank لم نتناول أبدًا موضوع جائحة كورونا. والسبب بسيط جدا. من أجل تكوين رأي علمي حول موضوع ما ، فأنت بحاجة إلى نزاع صحي ومحترم ، خاصة في مجال العلوم. لقد فعل العلماء الجيدون ذلك دائمًا. إذا ألقيت نظرة على تاريخ فيزياء الكم والخلافات الأسطورية المختلفة بين العلماء ، ستتعلم كيف يعمل العلم. حدث لسوء الحظ في الوقت الحاضر أزمة الاكليل بالكاد سئمت من نزاع مناسب ، حتى الآن

وغني عن القول أن أساس التدابير المختلفة من قبل الحكومات هو اختبارات PCR يمثلونها.

العمل المنشور مطلع 2019: الكشف عن فيروس كورونا الجديد 2019 (2019-nCoV) بواسطة RT-PCR في الوقت الحقيقي - يمكن العثور عليها هنا (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

الكتاب:

فيكتور إم كورمان ، أولفيرت لاندت ، ماركو كايزر ، ريتشارد مولينكامب 4 ، آدم ميجر ، دانيال كيه دبليو تشو 6 ، توبياس بليكر 1 ، سيباستيان برونينك ، جوليا شنايدر ، ماري لويزا شميدت 1 ، دافني جي جي سي مولدرز 4 ، بارت إل هاغمانز ، باس فان دن دير فير ، شارون ، ليزا ويجسمان ، غابرييل جوديرسكي ، جان لويس روميت ، جوانا إليس ، ماريا زامبون ، مالك بيريس ، هيرمان جوسينز ، شانتال ريوسكين ، ماريون بي جي كوبمانز ، كريستيان دروستن   

معروف. كان ولا يزال يعتبر الدافع الرئيسي لتنفيذ اختبارات PCR.

دون الخوض في تفاصيل العمل ، نود الخوض في واحد تقرير المراجعة لكي يلفت الانظار:

مصدر الصورة: Pixabay

تكشف مراجعة النظراء الخارجية لاختبار RTPCR للكشف عن SARS-CoV-2 عن 10 عيوب علمية رئيسية على المستوى الجزيئي والمنهجي: عواقب النتائج الإيجابية الخاطئة - يمكن العثور عليها هنا (https://cormandrostenreview.com/report/)      

الكتاب:

بيتر بورغر ، بوبي راجيش مالهوترا ، مايكل ييدون ، كلير كراي ، كيفن ماكيرنان ، كلاوس ستيجر ، بول ماكشيهي ، ليديا أنجيلوفا ، فابيو فرانشي ، توماس بيندر ، هنريك أولريش ، ماكوتو أوهاشي ، ستيفانو سكوجليو ، مارجولين دوسبرغ-فان كليفنس كليمنت ، روث شروفر ، بربر دبليو بيكسما ، جان بونتي ، برونو إتش دال كاربوناري ، كيفن بي كوربيت ، أولريك كاميرر             

      
المقالة عبارة عن ترجمة للنقاط الأساسية للمراجعة إلى الألمانية: المصدر (https://cormandrostenreview.com/report/):

تكشف مراجعة النظراء الخارجية لاختبار RT-PCR للكشف عن SARS-CoV-2 عن 10 أوجه قصور علمية أساسية على المستوى الجزيئي والمنهجي: عواقب النتائج الإيجابية الخاطئة.

في المنشور المعنون "الكشف عن فيروس كورونا الجديد 2019 (2019-nCoV) بواسطة RT-PCR في الوقت الحقيقي"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) يقدم المؤلفون سير عمل تشخيصي وبروتوكول RT-qPCR لاكتشاف وتشخيص 2019-nCoV (المعروف الآن باسم السارس- CoV-2) التي يزعمون أنها مصادق عليها وتوفر منهجية تشخيصية قوية لاستخدامها في مختبرات الصحة العامة. في ضوء عواقب هذا المنشور على المجتمعات في جميع أنحاء العالم ، قامت مجموعة من الباحثين المستقلين بمراجعة نقطة تلو الأخرى للمنشور أعلاه حيث

1) تم فحص جميع مكونات تصميم الاختبار المقدم ،

2) ال توصيات بروتوكول RT-qPCR تم تقييمها من أجل الممارسة المختبرية الجيدة

اوند

3) تم فحص المعلمات باستخدام المؤلفات العلمية ذات الصلة في هذا المجال.

التي نشرت بروتوكول RT-qPCR لاكتشاف وتشخيص 2019-nCoV والمخطوطة بها العديد من الأخطاء الفنية والعلمية ، بما في ذلك التصميم التمهيدي غير الملائم ، والمشكلة وغير المناسبة بروتوكول RT-qPCR وعدم دقة التحقق من صحة الاختبار. لا يفي الاختبار المقدم ولا المخطوطة نفسها بمتطلبات منشور علمي مقبول. علاوة على ذلك ، لم يتم ذكر تضارب خطير في المصالح للمؤلفين. أخيرًا ، تشير الفترة الزمنية القصيرة جدًا بين تقديم المنشور وقبوله (24 ساعة) إلى وجود منهجية عملية استعراض الكتابات و نقدها هنا إما أنه لم يتم تنفيذه أو أنه ذو جودة رديئة. نحن نقدم أدلة دامغة على العديد من أوجه القصور العلمية ، عيوب وعيوب.

في ضوء أوجه القصور العلمية والمنهجية المعروضة هنا ، نحن على ثقة من أن هيئة التحرير المراقبة الأوروبية ليس لديه خيار سوى النشر لسحب.



ملخص كتالوج للعيوب التي تم العثور عليها في الورقة


و ورق كورمان دروستن يحتوي على الأخطاء المحددة التالية:


1. لا يوجد سبب محدد لاستخدام هذه التركيزات العالية للغاية من الاشعال في هذا البروتوكول. تؤدي التركيزات الموصوفة إلى زيادة الارتباط غير المحدد وتضخيم منتج PCR ، مما يجعل الاختبار غير مناسب كأداة تشخيصية محددة للكشف عن فيروس SARS-CoV-2.


2. ستة أوضاع متذبذبة غير محددة تؤدي إلى تنوع هائل في التطبيقات المعملية الحقيقية لهذا الاختبار ؛ الوصف المربك غير المحدد في ورقة Corman-Drosten ليس مناسبًا كبروتوكول عمل قياسي ، مما يجعل الاختبار غير مناسب كأداة تشخيصية محددة لتحديد فيروس SARS-CoV-2.


3. لا يمكن للاختبار التمييز بين الفيروسات الكاملة والشظايا الفيروسية. لذلك ، لا يمكن استخدام الاختبار كأداة تشخيص للفيروسات السليمة (المعدية) ، مما يجعل الاختبار غير مناسب كأداة تشخيصية محددة لتحديد فيروس SARS-CoV-2 والسماح باستخلاص استنتاجات حول وجود عدوى.


4. اختلاف 10 درجات مئوية فيما يتعلق بدرجة حرارة التلدين Tm للزوج التمهيدي 1 (RdRp_SARSr_F و RdRp_SARSr_R) يجعل الاختبار أيضًا غير مناسب كأداة تشخيصية محددة لتحديد فيروس SARS-CoV-2.


5. الخطأ الفادح هو عدم وجود قيمة Ct حيث تعتبر العينة موجبة وسالبة. لم يتم العثور على قيمة Ct هذه أيضًا في التطبيقات اللاحقة ، مما يجعل الاختبار غير مناسب كأداة تشخيصية محددة للكشف عن فيروس SARS-CoV-2.


6. لم يتم التحقق من صحة منتجات PCR على المستوى الجزيئي. هذه الحقيقة تجعل البروتوكول غير قابل للاستخدام كأداة تشخيصية محددة لاكتشاف فيروس SARS-CoV-2.


7. لا يحتوي اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) على عنصر تحكم إيجابي لا لبس فيه لتقييم خصوصيته بالنسبة لـ SARS-CoV-2 ، ولا يحتوي على عنصر تحكم سلبي لاستبعاد وجود فيروسات كورونا الأخرى ، مما يجعل الاختبار أداة تشخيصية محددة لتحديد SARS-CoV-2 • الفيروس غير مناسب.


8. تصميم الاختبار في ورقة Corman-Drosten غامض ومعيب لدرجة أنه يمكن للمرء أن يذهب في عشرات الاتجاهات المختلفة. لا يوجد شيء موحد ولا يوجد SOP. هذا يشكك بشدة في الصلاحية العلمية للاختبار ويجعله غير مناسب كأداة تشخيصية محددة لتحديد فيروس SARS-CoV-2.


9. على الأرجح ، لم تتم مراجعة ورقة Corman-Drosten ، مما يجعل الاختبار غير مناسب كأداة تشخيصية محددة لتحديد فيروس SARS-CoV-2.


10. وجدنا تضاربًا خطيرًا في المصالح في أربعة مؤلفين على الأقل ، بالإضافة إلى حقيقة أن اثنين من مؤلفي جريدة كورمان-دروستين (كريستيان دروستن وشانتال روسكين) أعضاء في هيئة تحرير Eurosurveillance. تمت إضافة تضارب في المصالح في 29 يوليو 2020 (Olfert Landt هو المدير الإداري لـ TIB-Molbiol ؛ ماركو كايزر هو باحث أول في GenExpress ويعمل كمستشار علمي لـ TIB-Molbiol) ، والذي لم يتم الإعلان عنه في الإصدار الأصلي (و في PubMed -Version لا يزال مفقودًا) ؛ TIB-Molbiol هي الشركة التي كانت "الأولى" في إنتاج مجموعات PCR (Light Mix) على أساس البروتوكول المنشور في مخطوطة Corman-Drosten ، وبكلماتها الخاصة ، باعت مجموعات اختبار PCR هذه حتى قبل النشر [20 ] ؛ بالإضافة إلى ذلك ، لم يذكر فيكتور كورمان وكريستيان دروستن انتمائهما الثاني: مختبر الاختبارات التجاري "لابور برلين". كلاهما مسؤول عن تشخيص الفيروسات هناك [21] وتنشط الشركة في مجال اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي.



استنتاج


القرار بشأن بروتوكولات الاختبار التي سيتم نشرها وإتاحة الوصول إليها بشكل عام يقع في أيدي المراقبة الأوروبية. يتمتع قرار التعرف على الأخطاء الواضحة في دراسة Corman-Drosten بميزة أنه سيتم تقليل تكاليف ومعاناة الناس إلى حد كبير في المستقبل.
أليس من مصلحة Eurosurveillance سحب هذه الورقة؟ استنتاجنا واضح. نظرًا لجميع العيوب والعيوب الهائلة في تصميم بروتوكول PCR الموصوفة هنا ، نستنتج أنه لا يوجد الكثير من الخيارات المتبقية في إطار النزاهة والمسؤولية العلمية.



المراجع


[1] كورمان فيكتور إم ، لاندت أولفيرت ، كايزر ماركو ، مولينكامب ريتشارد ، ميجر آدم ، تشو دانيال ك.و. ، بليكر توبياس ، برونينك سيباستيان ، شنايدر جوليا ، شميدت ماري لويزا ، مولدرز دافني جي جي سي ، هاغمانز بارت إل ، فان دير فير باس ، فان دن برينك شارون ، ويجسمان ليزا ، جودرسكي غابرييل ، روميت جان لويس ، إليس جوانا ، زامبون ماريا ، بيريس مالك ، جوسينز هيرمان ، ريسكن شانتال ، كوبمانز ماريون بي جي ، دروستن كريستيان. الكشف عن فيروس كورونا الجديد 2019 (2019-nCoV) بواسطة RT-PCR في الوقت الحقيقي. مسح اليورو. 2020 ؛ 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045


[2] التواصل عبر البريد الإلكتروني بين د. بيتر بورغر ود. آدم ميجر: مادة تكميلية


[3] جعفر وآخرون ، الارتباط بين 3790 من تفاعل البوليميراز الكمي المتسلسل - العينات الإيجابية وثقافات الخلايا الإيجابية ، بما في ذلك 1941 عزلات متلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة التاجية 2. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603


[4] بي بي سي ، 21 يناير 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836 ؛
أرشيف: https://archive.is/0qRmZ


[5] Google Analytics - COVID19- الوفيات في جميع أنحاء العالم: https://bit.ly/3fndemJ
أرشيف: https://archive.is/PpqEE


[6] الاختبارات المعملية للمركز الفني للاستجابة لحالات الطوارئ COVID-19 ، NIVD تحت
مركز السيطرة على الأمراض في الصين 15 مارس 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf


[7] Real-Time PCR Handbook Life Technologies: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T، Huggett J، Sanchez E. دليل الممارسات الجيدة لتطبيق PCR الكمي (qPCR) الإصدار الأول 2013


[8] Trestan Pillonel et al ، رسالة إلى المحرر: اكتشاف SARS-CoV-2 بواسطة RT-PCR في الوقت الفعلي: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/


[9] كوركيلا ، ساتو ، وديفيد دبليو جي براون. "تقنيات التشخيص الجزيئي." الطب 38.10
(2009): 535-540.


[10] ولفيل وآخرون ، التقييم الفيروسي للمرضى المقيمين في المستشفى المصابين بفيروس كورونا
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x


[11] أداة ويب Thermofischer Primer Dimer Web: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] Primer-BLAST، NCBI - المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/


[13] Marra MA ، Steven JMJ ، Caroline RA ، Robert AH ، Angela BW et al. (2003) العلوم. تسلسل الجينوم لفيروس كورونا المرتبط بالسارس. علم 300 (5624): 1399-1404.


[14] فيروس كورونا المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2 يعزل Wuhan-Hu-1 ، الجينوم الكامل: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947


[15] كان من المتوقع ظهور فيروس كورونا شبيه بالسارس ، لكن لم يتم اتخاذ أي إجراء. في J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  الأرشيف: https://archive.is/i76Hu


[16] عملية تقييم / مراجعة أوراق المراقبة الأوروبية: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] توصية رسمية لبروتوكول Corman-Drosten ومخطوطة من منظمة الصحة العالمية ، نُشرت في 13 يناير 2020 كإصدار 1.0 من الوثيقة: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -فحص-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] توصية منظمة الصحة العالمية الرسمية لبروتوكول Corman / Drosten RT-qPCR ، المستمدة مباشرة من منشور المراقبة الأوروبية ، إصدار الوثيقة 2-1 ، المنشور في
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] هيئة تحرير Eurosurveillance ، 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; الأرشيف: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] إرشادات استخدام LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control، TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions ، 11 يناير 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .بي دي إف
الأرشيف ، الطابع الزمني - 11 يناير 2020: https://archive.is/Vulo5;  أرشيف: https://bit.ly/3fm9bXH [21] كريستيان دروستن وفيكتور كورمان ، المسؤولان عن التشخيص الفيروسي في لابور برلين:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  الأرشيف: https://archive.is/CDEUG

[22] توم جيفرسون ، إليزابيث سبنسر ، جون براسي ، كارل هينغان الثقافات الفيروسية لتقييم العدوى بفيروس كوفيد -19. مراجعة منهجية. المراجعة المنهجية doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932 https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] كيم وآخرون ، هندسة نسخة SARS-CoV-2: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] رد المركز على د. بيتر بورغر ، 18 نوفمبر 2020: مادة تكميلية

[25] أ.د. Ulrike Kämmerer وفريق المسح وجدول Primer-BLAST